ИССЛЕДОВАНИЕ СВЯЗЫВАНИЯ ДАНОПРЕВИРА, ИВЕРМЕКТИНА, ЛОПИНАВИРА, ОСЕЛЬТАМИВИРА, РЕМДЕСИВИРА И РИТОНАВИРА С ОСНОВНОЙ ПРОТЕАЗОЙ SARS COV-2 С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММЫ AUTODOCK
В данной статье с помощью программы AutoDock изучено связывание некоторых препаратов (данопревир, ивермектин,
лопинавир, осельтамивир, ремдесивир и ритонавира), используемых в медицинской практике, с основной протеазой
SARS COV-2 (Mpro, PDB ID: 6LU7). Установлено, что оптимальный диапазон энергий связывания (ЭС)
рассматриваемых препаратов с белком Mpro составляет ЭС = -9 ‒ -10.20 ккал/моль.
1. Chen H, Zhang Z, Wang L, Huang Z, Gong F, Li X, Chen Y, Wu JJ. Medicine (Baltimore). 2020, 99(48), e23357. doi:
10.1097/MD.0000000000023357.
2. Bryant A., Lawrie Th.A., Dowswell Th., Fordham E., Mitchell S., Hill S.R., Tham T.C. Am. J. Ther. 2021. – Vol.28(4), p
e434-e460. doi: 10.1097/MJT.0000000000001402
3. Cattaneo D., Gervasoni C., Corbellino M., Galli M., Riva A., Gervasoni C., Clementi E., Clementi E. Pharmacol. Res.
2020.-Vol.158, p.104898. doi: 10.1016/j.phrs.2020.104898.
4. Patel T.K., Patel P.B., Barvaliya M., Saurabh M.K., Bhalla H.L., Khosla P.P. J. Infect. Public. Health. 2021.-Vol.14(6), pp.
740-748. doi: 10.1016/j.jiph.2021.03.015.
5. Zendehdel A., Bidkhori M., Ansari M., Jamalimoghaddamsiyahkali S., Asoodeh A. Ann. Med. Surg. (Lond). 2022.-Vol.77,
p.103679. doi: 10.1016/j.amsu.2022.103679.
6. Taha H.R., Keewan N., Slati F., Al-Sawalha N.A. Pharmacology. 2021.-Vol.106, pp.462-468. doi: 10.1159/000518440.
7. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. Nucleic Acids Res.
2000.- Vol.28, pp.235-242. https://www.rcsb.org/
8. Stefanini I., De Renzi G., Foddai E., Cordani E., Mognetti B. Profile of Bacterial Infections in COVID-19 Patients:
Antimicrobial Resistance in the Time of SARS-CoV-2. Biology (Basel). 2021.- Vol.10(9), p.822. doi:
10.3390/biology10090822.
9. Jin, Z., Du, X., Xu, Y. et al. Structure of M pro from SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors. Nature. 2020.-Vol. 582,
pp.289–293. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2223-y
10. Amin S.A., Banerjee S., Singh S., Qureshi I.A., Gayen Sh., Jha T. First structure–activity relationship analysis of
SARS‑CoV‑2 virus main protease (Mpro) inhibitors: an endeavor on COVID‑19 drug discovery. Mol Divers.-2021,
Vol. 25, 1827 doi.org/10.1007/s11030-020-10166-3
11. Ешимбетов А.Г., Жолдасов Ж., Ашуров Ж.М., Ибрагимов Б.Т. Данопревир, ивермектин, лопинавир,
осельтамивир, ремдесивир ва ритонавир препаратларининг SARS COV-2 “S-Spike” оқсилига боғланишларини
AutoDock ва AutoDock Vina дастурларида ўрганиш. НамДУ илмий ахборотномаси. 2022.- №10, 130-136 б.
12. Morris G.M., Huey R., Lindstrom W., Sanner M.F., Belew R.K., Goodsell D.S., Olson A.J. J. Comput.Chem. 2009.-
Vol.16, pp.2785-2791. https://doi.org/10.1002/jcc.21256
13. Liu X., Zhang B., Jin Z., Yang H., Rao Z. The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor
N3. DOI: 10.2210/pdb6lu7/pdb
14. MGLTools v1.5.7 https://ccsb.scripps.edu/mgltools/1-5-7/
15. Krivák R., Hoksza D. J. Cheminform. 2018.-Vol.10, p.39. https://doi.org/10.1186/s13321-018-0285-8
16. BIOVIA Discovery Studio Vizualizer. https://www.3ds.com/products-services/biovia/products/molecular-modeling-
simulation/biovia-discovery-studio/
17. Туляганов Н. Фармакологическое исследование алкалоидов Peganum harmala L. хиназолиновой и хиназолоновой
структур и их производных // Фармакология природных соединений: Сб. науч. тр.-Ташкент: Фан. 1979. С.71-80.
18. Итоги исследования алкалоидоносных растений: Сб. науч. тр.- Ташкент: Фан, 1993.- C.105-132.
19. Sheng-Ge Li, Kai-Bo Wang, et al. Cytotoxic quinazoline alkaloids from the seeds of Peganum harmala. Bioorganic &
Medicinal Chemistry Letters. 2020.- Vol.28 (2), pp.103-106. doi.org/10.1016/j.bmcl.2017.12.003.
20. Natural Compounds. Alkaloids. Plant sources, Structure and Properties. Springer, New-York, 2013. DOI 10.1007/978-1-
4614-0560-3
21. https://planta-medica.uz/garmala-obyknovennaya-peganum-harmala-l/
22. https://planta-medica.uz/glycyrrhiza-glabra-l-solodka-golaya-lakrichnyj-koren/
Copyright (c) 2026 «ВЕСТНИК НУУз»
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial-ShareAlike» («Атрибуция — Некоммерческое использование — На тех же условиях») 4.0 Всемирная.
.jpg)
2.png)
