(±)-GOSSYPOLNING CDK2 VA SARS-COV-2 MPRO OQSILLARI BILAN KOMPLEKSLARINING MOLEKULYAR DINAMIK TADQIQOTLARI
В данном исследовании представлены результаты анализа молекулярной динамики (МД) взаимодействий между (±)-госсиполом (Gp) и двумя биологически важными целевыми белками: основной протеазой SARS-CoV-2 (Mpro) и циклин-зависимой киназой 2 (CDK2). Результаты молекулярного докинга показали, что оба изомера занимают схожие области связывания и поэтому были выбраны для моделирования МД. Результаты МД продемонстрировали, что PGp и MGp образуют стабильные комплексы с целевыми белками, демонстрируя сопоставимую конформационную стабильность, режимы связывания и сходимость траектории на протяжении всего моделирования. Кроме того, расчеты свободной энергии MM(PB/GB)SA показали, что PGp и MGp обладают схожей аффинностью связывания как с Mpro, так и с CDK2.
1. Ashirmatov M.A., Abdullaev N.D. Quantum-chemical investigation of some features of the interconversions of the gossypol molecule//Chem. Nat. Compd.-1996.-Vol.32(4). –P.513–522.
2. Beisel C.L., Dowd M.K., Reilly P.J. Conformational analysis of gossypol and its derivatives by molecular mechanics//J. Mol. Struc: THEOCHEM. –2005. –Vol.730(1–3). –P.51–58.
3. Wang L., Liu Y., Zhang Y., Yasin A., Zhang L. Investigating stability and tautomerization of gossypol: A spectroscopy study//Molecules.-2019. –Vol.24(7). –P.1286.
4. Liu S., Kulp S.K., Sugimoto Y., Jiang J., Chang H-L., Dowd M.K., Wan P., Lin Y-C. The (−)-enantiomer of gossypol possesses higher anticancer potency than racemic gossypol in human breast cancer//Anticancer Research. –2002. –Vol.22(1A). –P33–38.
5. Baram N.I., Ismailov A.I., Ziyayev, K.L. et al. Biological Activity of Gossypol and Its Derivatives//Chem. Nat. Comps. –2004. –PP.199–205.
6. Yang J., Zhang F., Li J., Chen G., Wu S., Ouyang W., Pan W., Yu R., Yang J., Tien P. Synthesis and antiviral activities of novel gossypol derivatives//Bioorg. Med. Chem. Lett. –2012. –Vol.22(3). –P.1415–1420.
7. Wang W., Li W., Zhang Y., et al. Gossypol Broadly Inhibits Coronaviruses by Targeting RNA-Dependent RNA Polymerases//Adv.Sci.–2022. –Vol.9(35). –P.2203499.
8. Ибрагимов Б.Т. Кристаллохимия госсипола: дисс….док. хим. наук–Ташкент, 1991. -305 с.
9. Dodou K., Anderson R.J., Lough W.J., Small D.A., Shelley M.D., Groundwater P.W. Synthesis of gossypol atropisomers and derivatives and evaluation of their antiproliferative and antioxidant activity//Bioorg. Med. Chem. –2005. –Vol.13(13). –P.4228–4237.
10. Freedman T.B., Cao X., Oliveira R.V., Cass Q.B., Nafie L.A. Determination of the absolute configuration and solution conformation of gossypol by vibrational circular dichroism//Chirality. –2003. –Vol.15(2). –P.196–200.
11. González-Garza M.T., Matlin S.A., Mata-Cárdenas B.D., Said-Fernández S. Differential effects of the (+)- and (–)-gossypol enantiomers upon Entamoeba histolytica axenic cultures//J.Pharm.Pharmacol. –1993. –Vol.45(2). –P.144–145.
12. Valdés-Tresanco M.S., Valdés-Tresanco M.E., Valiente P.A., Moreno E. gmx_MMPBSA: A new tool to perform end-state free energy calculations with GROMACS//J.Chem.Theory Comput. – 2021. –Vol.17(10). –P.6281–6291.
13. Yshimbetov A.G., Xodjaniyazov X.U., Ashurov J.M. D,L-limonen va (±)-gossipol molekulalarining SARS COV-2 ning asosiy proteazasiga molekulyar doking dasturlari orqali bog'lanishini oʻrganish//QarDU xabarlari. –2025. –N1. –B.52-56.
14. Chohan T.A., Qian H., Pan Y., Chen J-Z. Cyclin-dependent kinase-2 as a target for cancer therapy: Progress in the development of CDK2 inhibitors as anticancer agents//Curr.Med.Chem. –2015. –Vol.22(2). –P.237–263.
15. Liu Y., Yang X., Gan J., Chen S., Xiao Z-X., Cao Y. CB-Dock2: Improved protein–ligand blind docking by integrating cavity detection, docking, and homologous template fitting//Nucleic Acids Research. –2022. –Vol.50(W1). –W159–W164.
16. Morris G.M., Huey R., Lindstrom W., Sanner M.F., Belew R.K., Goodsell D.S., Olson A.J. AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility//J.Comput.Chem. –2009. –Vol.30(16). –P.2785–2791.
17. Trott O., Olson A.J. AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading//J.Comput.Chem. –2010. –Vol.31(2). –P.455–461. 18. Abraham M. J., Teemu M., Roland S., Szilárd P., Jeremy C.S., Berk H., Erik L. GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers//SoftwareX. –2015. –Vol.1. –P.19–25. 19. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K., Maragakis P., Klepeis J.L., Dror R.O., Shaw D.E. Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field//Proteins. –2010. –Vol.78(8). –P.1950-1958. 20. Sousa da Silva A.W., Vranken W.F. ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interface//BMC Res Notes. –2012. –Vol.5. –P.367.
21. Van der Lubbe S.C.C., Fonseca Guerra C. The nature of hydrogen bonds: A delineation of the role of different energy components on hydrogen bond strengths and lengths//Chem.Asian J. –2019. –Vol.14(16). –P.2760–2769.
Copyright (c) 2026 «ВЕСТНИК НУУз»
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial-ShareAlike» («Атрибуция — Некоммерческое использование — На тех же условиях») 4.0 Всемирная.
.jpg)
2.png)
